Los manglares en Venezuela cubren una extensión estimada de 673 mil hectáreas sobre una línea costera de 3.300 kilómetros, abarcando alrededor de un 33% de esta biósfera. Estos forman parte fundamental del paisaje del Parque Nacional Morrocoy, cumplen la función vital de protección de la costa y constituyen el hábitat de aves y especies marinas. El decreto 1.843, publicado en la Gaceta Oficial 34.819 del 14 de octubre de 1991, establece las normas para preservarlos.
A pesar de ello, han sido sistemáticamente deforestados (en más de 60 hectáreas hasta la fecha) y severamente afectados por el desarrollo intensivo del sector turístico en la zona. Durante los años noventa y durante el 2002 se dieron reportes del inicio de procesos de deforestación de manglares en la zona. En ese momento, La Fiscalía de la República ordenó la paralización de estas acciones pero fueron posteriormente declaradas por el TSJ como obras de interés social que debían continuar.
Comunidades, actores políticos y ambientalistas han manifestado su oposición a algunos de estos mega-proyectos turísticos que se han implementado en la zona. Para el año 2013 ambientalistas falconianos apoyados por organizaciones nacionales y la Red Manglar hacen entrega ante la cancillería, el Despacho de la Presidencia de la República y la Asamblea Nacional de un proyecto de Ley de Protección de Manglares de Venezuela del cuál no se tiene información posterior. En años recientes (2012-2015) se inician denuncias públicas por redes sociales y medios digitales de ambientalistas y otros actores políticos sobre la destrucción de mangles en el marco de la construcción de Puerto Morrocoy, proyecto macro que incluye un complejo habitacional con townhouses, apartamentos, hoteles, centro comercial, marina y otras estructuras. Se reporta pérdidas del hábitat de especies bajo protección como las corocoras y la afectación del ecosistema por los cambios impulsados. Vialpa, la empresa italo-venezolana encargada del proyecto, señala esfuerzos en la reposición de los mangles. No obstante, entrevistas recientes a actores de la zona reportan la insuficiencia de la iniciativa. Igualmente y en el marco del Desarrollo y recuperación del sector turismo por parte del Ministerio encargado, se anuncia el Plan de Desarrollo Urbano del Eje Tucacas-Boca de Aroa. Hay señalamientos públicos de la afectación de la zona a raíz de la intensificación de la actividad turística hacia el Parque Nacional, en el marco de la ampliación de la oferta turística.